腦血栓應注意與腦出血鑒別診斷，兩者都會表現有半身不遂、口角歪斜、言語不利、肢體麻木乏力等臨床癥狀。但在頭部CT掃描中，腦出血可表現有一較亮的暗區。而腦血栓通常為暗性暗區。另外，也要與腦栓塞注意鑒別，兩者的癥狀及不良后果基本類似，但形成原理并不同，腦栓塞多因身體其它部位栓子脫落后，隨著頸動脈，一直到末梢腦血管，進而堵塞住腦血管所致，臨床以心律失常、房顫等心臟栓子多見。