慢性胰腺炎是一種胰腺纖維化的不可逆損傷，故慢性胰腺炎的治療很可能同樣為長期過程。慢性胰腺炎臨床上最常見的表現為腹痛，針對腹痛的治療需分為不同病因，如果是胰管擴張或胰管結石引起的胰管壓力增高而導致的疼痛，則需到醫院進行進一步診治，可能需行內鏡下胰管取石或胰管支架置入。如果是單純的胰腺炎癥的發作，則需應用PPI制劑，即抑制胃酸的制劑，例如奧美拉唑、蘭索拉唑這一類的藥物。另外，還需補充胰酶制劑，以幫助胰腺消化，使胰腺得到休息。另外，少部分慢性胰腺炎會合并脂肪瀉，此類病人均因胰腺實質大量破壞引起，治療上比較棘手，主要的手段仍為大量補充胰酶。如果胰腺炎病人合并有糖尿病，還需在內分泌科進行血糖的調整。