肛周膿腫手術的成敗主要是會不會復發，主要是內口的處理。如果能很準確地找到內口，并且處理以后，病灶部位肯定不會再復發。但是這個內口的尋找較困難，可以通過儀器設備，但是很多醫院也不具備，主要還是靠醫生的臨床經驗。絕大多數肛周膿腫的病人都沒有很清晰的內口，很多內口是臨床醫生切開膿腔以后，找到腸壁和膿腔最薄弱的部位，人為的提前將它處理掉，所以肛周膿腫內口的處理與醫生的手術經驗有很大的關系。肛周膿腫的復發主要指后期會形成瘺管，瘺管形成以后，內口比肛瘺的初期要清晰很多，反而更利于尋找內口，但是病人存在一個二次手術。部分外科雜志建議肛周膿腫先做切排，待三個月后形成肛瘺，行肛瘺手術即可。但一般肛腸專科醫院接觸病例較多，一般就采取一次性根治，沒有分期手術。