骨腫瘤在臨床診斷上，最重要是區分其良惡性情況。根據良惡性的不同，患者治療方案的制定、預后是完全不一樣的。影像學可區分大部分腫瘤的良惡性。其中，由于良性骨腫瘤的病程較長，且患者臨床癥狀較輕。另外，在影像學上往往可觀察到瘤體、骨質破壞部位、周圍骨膜反應較規則，且邊界較清楚，周圍無明顯的軟組織腫塊。而對于惡性骨腫瘤，它的骨質破壞比較明顯，對周圍骨髓的侵犯更加嚴重，其邊界也往往不清楚，甚至會突破骨基質向周圍侵犯，骨質的周圍也可產生廣泛性的、不規則的骨膜反應或明顯的軟組織腫塊。由于惡性骨腫瘤周圍組織的侵犯程度較嚴重，其在臨床上的癥狀也較重，且進展較快。因此它和良性骨腫瘤還是存在明顯的差別。大部分的骨腫瘤都可通過影像學的檢查手段區分良惡性，但骨腫瘤非常復雜，最終的診斷還需依靠影像學、臨床和病理檢查綜合判斷骨腫瘤的結果。