對于巨結腸的治療，新生兒和嬰幼兒早期采用物理療法和中西醫結合療法維持營養，爭取在合適的時機做根治性手術；兒童巨結腸以手術根治為主，輔以中西藥結合治療。巨結腸的治療有以下四個方面1、保守治療，對于診斷不明確的新生兒，癥狀輕微的便秘可以采取保守治療，比如擴肛等；2、結腸灌洗，適用于診斷尚未肯定的病例，用于來確診病例的術前準備；3、結腸造瘺，已經確診的病例通過灌腸不能夠緩解癥狀，又因為多種原因沒有根治手術條件的病例，就采取這種方法；4、根治手術，隨著對巨結腸的認識和不斷加深，新生兒的重癥監護水平的提高，有很多的新生兒孩子可以達到根治手術的手術條件。臨床上根據不同的巨結腸癥狀，采取不同的治療方法。