患者徹底清理腸道的垃圾，是把糞便以及消化的廢物從腸內排出，此時會排出一定菌群、水分和電解質，無法做到徹底清除。結腸鏡檢查前會使用洗腸的藥，比如某些口服的補液鹽，通常為聚乙二醇、匹維溴銨、復方匹可硫酸鈉等洗腸藥，或某些洗腸鹽如硫酸鎂，進行腸道清洗，能夠清空85%的結腸，小腸仍有部分食物殘渣及糞便殘留。臨床上為保有消化道的正常菌群，包括寄生菌、正常菌屬，以及少量條件致病菌，盡量不要破壞腸道菌群內比例。通過洗腸可能會打破腸道正常的菌群比例，使腸道功能出現異常。