萎縮性胃炎可以服用泮托拉唑，但不建議長期服用。萎縮性胃炎的病理、生理基礎是在幽門螺桿菌感染以及其他原因的刺激下，引起胃酸分泌減少、胃內腺體減少，此時如果患者出現腹痛、反酸，可以偶爾服用少量泮托拉唑，但不建議長期大量服用。萎縮性胃炎是胃酸分泌減少狀態，若泮托拉唑長期大量地服用，有可能進一步地增加胃內胃酸缺乏的狀態，就有可能加重萎縮性胃炎。尤其是服用時間長達1-3個月，這種情況就有可能進一步加重萎縮性胃炎的狀況，可服用H2受體阻滯劑如法莫替丁、黏膜保護劑如惠加強(吉法酯片)等替代藥物進行治療。