高位復雜性肛瘺因肛瘺內口位置較高或瘺口較多，竇道較多，手術應充分暴露內口，清除感染病灶和竇道組織。所以手術創面較大，深度較深，創面數量較多，為保護肛門括約肌功能和部分竇道，因此高位復雜性肛瘺不能完全切除，還需掛線治療，形成慢性切割作用，促使慢性瘢痕愈合。 部分肛瘺感染創面不能一起縫合，部分患者感染腔隙較大，換藥時創口引流條可造成愈合緩慢，愈合一般需1個月左右，較慢患者需2-6個月才能完全愈合。肛門平常處于收縮和關閉狀態，傷口邊緣會自行粘連形成假性愈合造成肛瘺復發，因此應時刻注意假性愈合發生。 若肛瘺術后破壞括約肌功能形成凹陷，使患者在一定期限內排便控制力減弱，此類患者需1-2年時間才能恢復正常。