高位復雜性肛瘺換藥較為重要，要求患者必須到醫院進行一周兩次換藥。換藥的過程是將引流管放置盲端深處，因傷口不能自己閉合、自己生長，所以換藥要由深處到淺處、由四周到中間換藥。另外，換藥時首先要清理傷口，早期可以用苯扎氯銨清洗，后期選用溫水清洗，臨床不建議選擇高錳酸鉀清洗。多數患者三個月可以恢復正常，若長時間不愈合，則需采取其他措施。