高位復雜性肛瘺的癥狀，主要分為炎癥期和靜止期： 1、在炎癥期表現為肛門部輕微疼痛、墜脹、排便不盡感和肛門異物感等不適，有時會有少量的肛門膿性分泌物，潰口會呈間歇性或持續性流膿，反復發作，難以愈合。腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，患者自己可以觸摸到肛門周圍纖維化的硬結，有時也可以摸到條索狀的瘺管。由于膿液或分泌物不斷流出，刺激肛周皮膚，還會引起肛門潮濕、瘙癢，有時可伴發肛周濕疹； 2、肛瘺靜止期，處于靜止的時候可以無臨床表現，但每當食用辛辣刺激的時候，或者出現作息不規律時，容易誘發肛瘺再次發作，出現流膿，遷延日久，很多瘺管纖維化還會導致肛門狹窄，引起排便困難，有時可以瘺口較大，糞便流入管道而引起疼痛，尤其是在排便時疼痛加劇。當某些疾病引起肛瘺時，我們要特別注意，譬如潰瘍性結腸炎、克羅恩病、結核病等等，長期的炎癥刺激、腹瀉、腹痛、大便次數增多，極易引起肛瘺。像結核性肛瘺的特點，起病緩慢，局部膿腫形成時無明顯疼痛，潰破后膿汁比較稀薄，病程較長，纏綿不愈，瘺管內口較大，邊緣不整齊，肉芽一般不新鮮，瘺管分支多，病人還常伴有全身的結核中毒癥狀，如低熱、盜汗、乏力、消瘦等等癥狀。