病毒性腦炎通常是急性起病，腦炎發病前具有前驅的癥狀表現，即發病前常有感冒、受涼的發生，表現如發熱、頭痛或者食欲減退，精神狀態不太好，嘔吐、腹瀉，流鼻涕，咽喉疼痛，部分還有肌肉酸痛，或者精神情感淡漠的表現，繼而出現腦炎所致的精神癥狀，如頭痛、嘔吐加重，容易出現嗜睡或者昏睡，全身性或局部性的抽搐，甚至出現驚厥的持續狀態。 就診檢查中發現有頸項強直、腦膜刺激征陽性，部分病人出現不同程度以及不同部位的肢體癱瘓，或是顱神經的麻痹，是病毒性腦炎損傷的局部神經導致的。并出現病理征陽性，有些病人以精神癥狀發病為主，表現為興奮多語、哭泣、吵鬧、煩躁不安，有時候打人、罵人、或者精神憂郁、表情變的呆滯，缺乏明顯的神經系統異常的體征。 病毒性腦炎還常見伴發的癥狀，比如腸道病毒感染性的腦炎發病，常伴有麻疹樣或者水泡樣的皮疹；腮腺炎病毒性腦炎，發生于腮腺腫痛后3-10天左右，可見到明顯的發熱、腫痛的腮腺；單純皰疹性病毒性腦炎，經常看到口唇或是角膜出現皰疹。