在許多病人家屬以及病人常會提到這個問題，而且也比較疑惑，病毒性腦炎病程多是良性的，病程在兩周左右，不超過三周，屬于自限性的顱內感染，預后相對比較好，多無嚴重的并發癥。病毒性腦炎的預后主要取決于是否得到了及時的診斷、系統的治療，病毒性腦炎本身疾病的嚴重程度也非常相關。病毒性腦炎在抗病毒治療療程不足的情況下，或者治療不徹底，當病人身體出現免疫力下降，容易出現病毒性腦炎的復燃。病毒性腦炎不能夠產生致病病毒的保護性抗體，并且病毒容易出現變異，當人的抵抗力下降的時候，出現相同致病菌感染，或者類似病毒感染，造成病毒性腦炎的發生，還可以出現其它病毒所致的病毒性腦炎。所以病毒性腦炎，是會復發或者再發的。