超聲內鏡和胃鏡都要做胃鏡。但是超聲內鏡是在普通胃鏡的前端有超聲探頭，超聲探頭比腹部B超的探頭更微型化，用于體內探查。所以超聲內鏡是將微型化的超聲探頭，通過胃鏡送到體內進行檢查。胃鏡主要查看消化道的黏膜變化，超聲內鏡主要查看胃壁上的情況。如果想要診斷胃壁黏膜下面是否病變，通過胃鏡檢查發現病變，考慮病變生成后，通過超聲內鏡，查看問題發生的部位。另外還可以查看胃壁外面，如胰腺在人體的后腹部腹膜后，靠近后背。通過普通的體表彩超檢查，由于前面隔著腹部的臟器、腹壁的脂肪，后面可能腰部、骨骼隔著肌肉，檢查受到很大影響，可能看不清楚。因為胃和胰腺臨近，超聲內鏡可以通過胃壁直接檢查胰腺，對胰腺最敏感。所以超聲內鏡主要用于檢查胃壁和胃腔外的器官病變，這就是區別所在。