慢性腸炎是否能自愈，還是要根據引起慢性腸炎的原因而定，具體如下：1、腸易激綜合征：如果慢性腸炎是由于腸易激綜合征，也就是由于情緒、飲食不當，引起的頭痛、腹瀉，而診斷的慢性腸炎，患者有自愈傾向。注意休息、飲食調節，控制情緒，可能慢性腸炎就能夠好轉、自愈；2、慢性感染性腸炎：但是如果是由于慢性感染，包括細菌感染、寄生蟲感染等所導致的慢性腸炎，只有積極根除病原體，去除了寄生蟲，慢性腸炎才能治愈，本身自愈的可能很少；3、潰瘍性結腸炎：是一種慢性、復發性、反復性的疾病，需要規律地用藥、長期治療，沒有自愈傾向。即使有時候臨床癥狀緩解，但是結腸鏡下腸黏膜并沒有完全恢復，一旦停藥，可能疾病會進一步加重，甚至會出現大出血、腸穿孔等嚴重并發癥。所以慢性腸炎是否能夠自愈，還是根據不同的疾病病因而定。