巨結腸活檢傷害并不大，很多醫生選擇做活檢的原因是先天性巨結腸的手術比較復雜，術后還有各種問題，所以醫生在做手術之前是非常慎重的。做巨結腸活檢就可以確定，一旦確定巨結腸，就有手術指征。醫生建議做檢查，檢查是在簡單的麻醉下，從肛門里取少許直腸化驗，做完后馬上縫起來，所以術后可以立即進食、活動，都沒有任何影響。現在還有些新的方法就是做直腸黏膜活檢鉗，不需要全身麻醉，直接在鎮靜下就可以從肛門里取黏膜做化驗。黏膜不用縫合，但黏膜在數小時之內就可以長上去，所以是非常安全的。用黏膜活檢鉗和手術全麻下取直腸黏膜化驗有區別，活檢鉗取的標本量較少，有時會出現陰性結果。并且取的位置較淺，黏膜取出后可能會出血，當然出血率和病例非常少見。如果在全麻下取直腸，基本上不會出血，因為是在直視下，取的標本量較多，取的點也較多，各有優缺點。