肺結核診斷最主要是靠醫師經驗性的診斷，最主要的一個確診依據，比如有肺結核病理性改變，有干酪樣壞死，找到結核細菌，有抗酸染色陽性的細菌，這些都是非常重要的依據。但實際臨床工作中，有明確的病理學依據，或者找到結核細菌的病人少而又少，一般是醫師根據臨床經驗來做出判斷。醫生的臨床經驗會基于病人是否有結核病的癥狀，比如有低熱、盜汗、咳嗽、咳痰、咳血、胸痛、乏力、氣促等表現。影像學是不是在結核的好發位置出現了比較典型的結核改變，出現斑片狀的陰影。此外，結核產生了一定的免疫反應，通過抽血能夠判定出來有結核感染，然后做出初步的判斷。如果有些病人不能得到明確判斷，可以采取試驗性抗結核治療。抗結核治療觀察一段時間，病人可能就不發熱了，咳嗽、咳痰緩解了，就按肺結核進行長程化療。如果用了結核藥之后，治療沒有顯現出效果，這個時候就可能不考慮是結核引起的炎癥，而可能是其他的疾病，因此臨床情況非常復雜。