屁股兩邊肉疼可由多種原因所導致，常見如下：1、外傷：外力作用可以導致骨或軟組織損傷，而產生疼痛的情況。例如摔倒時屁股著地或車禍傷、碰撞傷、棍棒打擊傷等，均有可能導致兩側屁股疼痛的臨床癥狀，一般有明顯的外傷時可以協助診斷；2、肌纖維組織炎：屁股肌肉豐富，在著涼、勞累等因素影響下，可以出現肌肉的無菌性炎癥，導致疼痛的情況發生。此類情況一般疼痛較局限，活動時疼痛可以明顯加重；3、腰椎間盤突出：當腰椎間盤向后突出刺激到椎管內的神經或神經根時，可以導致神經支配區域出現疼痛、麻木、活動受限的臨床癥狀，也可以表現為屁股兩側疼痛的情況，行腰椎CT、核磁共振、肌電圖檢查可以明確診斷；4、局部出現占位性病變：也可以表現為疼痛的癥狀，需要行CT、核磁共振、病理學活檢，以明確診斷指導之后的治療。