因為胃鏡檢查是一種侵入性檢查，需要經過口腔、咽部、食道，進入胃、十二指腸。很多人覺得胃鏡是否會對食管、胃有刺激或者損傷。一般普通胃鏡會有不適感，主要是惡心，少數人檢查完之后，可能會覺得咽部不適。但是先進的胃鏡已經做的很柔軟光滑，它的外面是一層柔軟的膠皮，對人體一般沒有任何損害。除取活檢時，可能對胃造成損傷，或者切息肉時對胃造成損傷，如胃部出現創面，但創面較小，類似在日常活動中不小心碰到墻或者摔倒時，皮膚黏膜挫傷或者掉皮。如果沒有進行任何檢查和治療，基本上對胃沒有損傷，因此常規胃鏡檢查對人的損傷較小。