通常用于檢查和治療目的的胃鏡，對人體損害較少甚至可以忽略不計。胃鏡為較安全的檢查和治療方式，但胃鏡檢查為有創性操作，在此過程中可能存在一定并發癥，但一般情況下，不會對胃部造成損傷。部分患者可能造成咽喉部黏膜擦傷，如果進行胃鏡檢查對病變位置需要進一步取活檢送病理時，此過程中可能對胃黏膜局部造成醫源性損傷。但胃黏膜修復能力較強，如為較小損傷可能在較短時間內，如1-2天趨于緩解。如為小潰瘍可能需要幾周時間可以完全愈合。如果為緩解病癥、進一步治療疾病，如胃癌早期切除后，可能需短期復查，觀察潰瘍愈合情況，此種情況下，胃鏡檢查操作較頻繁。