新生兒呼吸窘迫綜合征屬于新生兒的危重癥，如果早期發現、早期治療，其預后較佳。因為目前臨床上治療新生兒呼吸窘迫綜合征的技術均較為成熟，其治療的關鍵在于早期識別。如果新生兒呼吸窘迫綜合征于早期識別，并給予呼吸支持與肺泡表面活性物質的替代治療，一般患兒出生72小時之后，其癥狀均會逐漸緩解。除非患兒伴有基因缺陷等特殊情況，比如患兒體內產生肺泡表面活性物質的基因出現問題，導致自身不能產生肺泡表面活性物質，所以需要終身進行替代治療，但終身進行替代治療在臨床上并不現實，因為替代治療的藥物價格均非常昂貴，此類先天伴有基因問題的患兒，其預后一般不佳。如果新生兒呼吸窘迫綜合征的發現時間較晚，或者發現新生兒呼吸窘迫綜合征之后，無較為有效的治療技術進行支撐，則患兒可出現頑固的、持續的低氧血癥，并會造成各個臟器功能的損傷，甚至衰竭，此類患兒的預后往往不佳。對于臨床醫生而言，大部分新生兒呼吸窘迫綜合征如果能夠得到早期的識別、診斷、治療，其預后較佳。目前預防新生兒呼吸窘迫綜合征的較佳措施，即發現孕婦有早產的可能時，應于嬰幼兒出生前在產科對孕婦應用激素治療，應用激素治療之后，一般嬰幼兒在出生后出現急性呼吸窘迫綜合征較為少見。