懷孕初期可以服用阿莫西林，但在懷孕初期，不主張隨意服藥。如果是感染，則建議首選青霉素類藥物，青霉素類比阿莫西林更好。如果懷孕初期，特別在9周以內，無論是細菌感染、病毒感染，或者接觸X線，均會增加胎兒的潛在風險，所以要在醫生指導下用藥。如果12周以后，出現感冒或泌尿系感染，可以服用阿莫西林。如果阿莫西林過敏，則可以服用大環酯類藥物，比如阿奇霉素、紅霉素。懷孕初期是胚胎敏感期，任何用藥均應在醫生指導下進行。整個懷孕期間，胎兒均在發育，特別大腦成熟需要漫長過程。除服藥以外，應謹防高熱等不良因素，對胎兒造成的潛在影響。