正在睡覺時突然發生嗆咳并且憋醒，通常情況與胃食管反流有關。食管與胃之間有生物屏障叫賁門，賁門正常情況下，屬于收縮狀態，當食道充盈的時候，允許食道的物體，經過收縮的生理功能門，排進胃內，而胃內的東西，很難被逆流傳入食道，這是生理的保護功能。食道下段括約肌功能失衡，賁門松弛，胃內的內容液、內容物、氣體，可能通過薄弱賁門的環境，逆流到食道，造成反流性的食管炎，進一步向上傳送，到達咽部形成咽炎，甚至誤吸進入肺，造成氣管炎、支氣管炎、肺炎，而發生嗆醒的情況。如果出現睡覺時，突然被嗆醒，要警惕是否發生胃食管反流。