胃腸道間質瘤患者在停藥以后是否還有效果，需要根據具體的病情來決定。胃腸道間質瘤的藥物治療根據治療目的可以分為三種情況，常見如下：1、切除患者的新輔助治療：新輔助治療以后要接受手術，手術以后根據病理診斷的情況來決定術后的用藥情況，具體的用藥時間應該根據病情來決定。停藥以后有些可能暫時沒有復發風險，但是隨著時間的延長，復發轉移或者耐藥的幾率也會逐漸增高；2、可手術切除的輔助治療：對于中高危的復發風險胃腸道間質瘤患者，術后要進行輔助治療，根據危險度的分級不同，需要治療的時間也不同，一般是1-5年的時間不等。同樣如果停藥以后也可以維持多年疾病穩定，但是隨著時間的推移，也是有復發的出現；3、復發或轉移患者的系統治療：復發或者轉移的胃腸道間質瘤應該做系統全身治療，應該是終身服藥，不能夠停藥，停藥后很快就要再次復發，可能會導致腫瘤迅速進展，建議終身服藥，具體的用藥應該根據患者的情況，由醫生進行綜合判斷來決定。