內鏡黏膜切除術主要適應癥是消化道早期腫瘤，比如早期食管癌、早期胃癌、早期結腸癌，以及部分消化道巨大息肉，此類手術要求較精細，操作時間因人而異，因部位而異，一般會控制在2-3小時內，而熟練的醫生可能半個小時甚至十幾分鐘就可以完成手術。 此外，手術時間的長短因不同部位而不同，食管和結腸部位腫瘤比較好操作，胃部血運比較豐富，出血較多，一旦出血，結構則會分不清，所以為了安全醫生操作會謹慎，手術時間會比較長。