通常房間隔缺損開胸手術沒有后遺癥。如果采用正中開胸手術方式，會留下瘢痕，主要影響美觀性，尤其對于瘢痕體質的患兒。若采取側開胸手術方式，由于破壞胸壁肌肉，所以遠期可能出現脊柱側彎癥狀，但幾率較低。 總體來講，如果房間隔缺損手術成功，后遺癥不是很多，但可能存在并發癥，比如出現殘余分流、補片撕脫，有的極少情況下可能因為這個情況再做手術。還有術后出血量多，二次開胸止血，以及心臟傳導、房室傳導阻滯等，也屬于術后并發癥的范疇。另外，可能由于有房間隔以及房壁的切口，導致術后出現房撲、房顫情況，可以通過射頻消融方式進行微創治療，但通常較為少見。