房間隔缺損開胸手術具有一定風險，但總體來講比較安全。凡是涉及心內手術的操作都具有一定風險。通常對于較大的房間隔缺損，或者是合并有其它心內畸形的房間隔缺損，在不適合于介入治療情況下，均選擇外科開胸手術治療。相比于介入治療，外科開胸手術手術風險更高，主要體現在兩個方面，建立體外循環可能有血栓、氣栓風險；手術操作可能造成房室傳導阻滯風險和問題。 雖然房間隔缺損手術相對于所有心內操作手術風險較低且可控，但不能排除并發癥的可能，其實房間隔缺損做完手術之后，包括顱內小的空氣栓塞，這種情況其實并不罕見，往往房缺心內排氣的這個工作不是很好完成，小的氣泡不容易發現，有的患者術后會有一過性的腦梗，甚至嚴重的會留有腦梗，這個即便在手術技術這么完善的今天也不能夠完全避免。所以，房間隔缺損開胸手術還是有一定的風險，但是總體來說還是比較安全。