肝內膽管結石可能會癌變，因為肝內膽管結石屬于肝內膽管癌的一個高危因素，但是具體也要看個體的遺傳因素，以及致癌因素的嚴重性。針對有遺傳因素存在的情況下，癌變的概率通常會有所增加。如果致癌因素比較強，比如肝內膽管結石反復引起炎癥發作，刺激膽囊壁，導致膽囊壁異常增生、增厚，這種情況下致癌的因素會加大。此外，包括引起肝內膿腫，或者反復肝內膽管結石刺激的情況下，會引起肝臟局部萎縮，而萎縮性肝臟是癌變的一個重要基礎。肝內膽管結石如果沒有任何癥狀，結石的數量也比較少，可以先觀察。但如果反復引起癥狀，包括發熱、畏冷、寒戰等膽道感染的癥狀，或者引起肝臟萎縮，這些情況都需要及早進行手術治療，特別是針對局部的萎縮肝臟進行切除，能夠有效預防后期，出現其他異常病變的可能性。