巨結腸類源病治療方式和巨結腸不一樣，先天性巨結腸明確診斷以后建議手術治療，建議孩子三個月以后進行手術治療，新生兒期不可以進行手術。但是，巨結腸類緣病孩子通常先采用保守治療，希望經過一段時間保守治療，觀察腸道神經會不會再成熟、再發育，保守治療一年或者兩年以持續癥狀不能緩解，才考慮手術治療。 巨結腸類緣病和先天性巨結腸癥狀、過程非常類似，但不是典型巨結腸，所以醫學上叫做巨結腸類源病。典型巨結腸病人表現為病變腸段神經元缺乏、神經纖維增生。但是在巨結腸類緣病，部分孩子疾病過程中表現為病變腸段有神經元，但神經元質量不是非常正常，表現為幼稚神經元或神經元個數偏少，出現和普通巨結腸類似的表現。