扁桃體發炎的位置，在發炎的早期多位于扁桃體隱窩的開口，隨著患者病程的延長，炎癥加重，可以累及整個扁桃體實質，從而出現扁桃體的急性炎癥。扁桃體屬于淋巴上皮組織，是人體重要的免疫器官，分內側及外側兩個面，外側由扁桃體的被膜包繞，內側游離于口咽部。在內側面扁桃體的黏膜上皮，向扁桃體的實質內陷形成6-20個盲管，扁桃體的表面形成6-20個，所謂的扁桃體隱窩，因此，扁桃體的表面看上去會凹凸不平。在人體機體免疫力下降的情況下，扁桃體隱窩會有上皮的脫落，食物殘渣存留以及細菌或病毒等其它病原體存在。人體機體免疫力下降，會導致隱窩開口的感染，隨著炎癥的加重，感染會侵及整個扁桃體實質，從而出現急性扁桃體的炎癥，嚴重的患者會出現化膿性扁桃體炎癥。