厭氧菌是臨床上比較常見致病菌，出現厭氧菌時首選硝基咪唑類抗生素，比如甲硝唑、替硝唑、奧硝唑等，此類藥是專門針對厭氧菌的抗生素，臨床上常用的某些廣譜的抗生素，比如青霉素、頭孢菌素、碳青霉烯類抗生素，也有一定的抗厭氧菌的效果，但并非專門針對厭氧菌，因此臨床上出現厭氧菌感染時，首選硝基咪唑類抗生素。臨床上厭氧菌常常感染部位是牙齦、口腔、鼻竇以及腹腔、盆腔，發生感染時，由厭氧菌引起的可能性比較大，但也可能混雜有需氧菌，此時可以使用硝基咪唑類藥物聯合抗需氧菌的藥物，進行聯合治療。