肝臟是胃腸道間質瘤常見的轉移部位，惡性胃腸道間質瘤肝轉移的患者，常見的治療方法是手術治療聯合靶向藥物治療。靶向藥物治療首選的一線藥物是伊馬替尼，伊馬替尼耐藥后可以換用二線藥物舒尼替尼，并可與肝外科同時合作，將肝臟轉移瘤切除。對于身體狀況較差、高齡、肝功能異常等不能耐受手術的患者，射頻消融術、介入栓塞也是可以作為治療的手段之一。但手術如何做、什么時候做，還是要由經驗豐富的胃腸道間質瘤專科醫生進行判斷，且肝轉移瘤的個數、分布、大小，與重要血管的毗鄰關系，切除后殘肝的體積，都是影響手術規劃的重要因素。對于滿肝轉移的晚期胃腸道間質瘤患者，如果靶向藥物能夠維持疾病穩定狀態3-6個月，也可以考慮肝移植手術。胃腸道間質瘤肝轉移，尤其是多發轉移的患者，如果出現肝功能失代償，即疾病發展到一定程度，超過了肝功能的代償能力，患者已經出現腹水等癥狀，此時可以進行姑息治療，以減輕痛苦、提高生活質量為主要目標。