總體而言，杏仁核屬于錐體外系核團，處于大腦深部。手相當于大腦半球，杏仁核在大腦半球深部，最里邊的是丘腦，丘腦外邊有一個像問號樣圍繞丘腦轉的尾狀核，尾狀核外面是鞘核，尾狀核底部就是杏仁核在的部位。杏仁核也是紋狀體中最古老的部分，稱為紋狀體，紋狀體結構與錐體外系有著重要的關系。錐體外系功能是對身體肌張力進行調節，維持平衡，協調隨意運動，對隨意運動系統有著重要作用。