患者進行第二次根管治療時通常不會疼痛，因為首次治療時需去除發炎牙神經，盡管在麻醉藥物作用下進行操作患者仍然感覺到疼痛。但第二次進行根管治療時由于已經將發炎的牙神經去除，這時主要是清理和疏通根管中可能殘留的細菌和污染物，醫生通過根管銼或擴大錐在根管內進行操作，通常不會出現神經痛的情況。操作過程中醫生會把握好器械長度，盡量避免器械觸碰到根尖孔外部，從而不會扎傷根尖孔外部軟組織也不會產生疼痛。治療時需要使用專門的器械測量根管長度，即牙冠最高點到根尖孔長度，通過專門的根管測量儀器測出數值后，保證操作時器械位于測量根管的長度之內，避免觸碰根尖孔外部使患者產生疼痛。