根管治療第二次仍然出現疼痛，可能與患者牙髓未完全去除干凈有關，例如牙髓在失活過程中，由于失活劑沒有導致牙髓出現明顯滅活，存在部分殘余活髓，同時根管治療進行擴管、拔髓時，可出現相應疼痛，且操作過程中觸碰到活牙髓，疼痛較劇烈。根管治療第一步為開髓引流，第二步牙髓失活，第三步根管預備即去髓，第四步根管消毒，第五步根管充填。根管預備過程，若將牙髓去除干凈，疼痛完全消失，存在殘髓會持續疼痛。因此將牙髓徹底去除且進行完善根管預備，屬于根管治療關鍵步驟。