根管治療第二次處理后，疼痛多數都是在根管預備的過程中，由于操作的原因造成根管內感染物質被推出，也就是到了牙槽骨內，引起牙槽骨內短暫的炎癥，這些炎癥可以在輔助口服藥物的情況下很快消失。有的是由于醫生治療時，預備根管器械超出了根尖狹窄的部分，也會造成人為的刺激、創傷，多數情況下都可以在三天左右自行緩解。