囊腫通常均為良性，部分惡性囊腫稱為囊皮惡性病變或囊腫的惡性病變。乳腺囊腫、甲狀腺囊腫多半是良性，通常胰腺囊腫表現為惡性，胰腺出現囊腫時多考慮惡性。囊腫發生在胰腺時，第一時間按照良性考慮并處理。囊腫是炎性則給予抗炎對癥治療，觀察療效，未見療效時，進一步做增強CT，予以檢查和分析。腎囊腫表面是囊腫的形式，做CT在分析時發現囊腫皮表皮較厚，觀察到類似毛刺向里或向外，此時考慮是否是惡性。囊腫的惡性和良性區別主要是根據部位，此外囊腫應按照良性處理，尤其是炎癥性的，觀察治療效果。對于非炎癥性，先定期觀察，每3-6個月進行超聲，并予以進行對比。如果囊腫逐漸增大或囊腫內存在混雜樣陰影，考慮是否為惡性或者惡變。