大多數情況下，肺部真菌感染可以治愈，引起肺部真菌感染的病原體多種多樣，可以有念珠菌、曲霉菌。另外，隱球菌、肺孢子菌，除以上常見的真菌之外，其他的真菌也可以引起肺部真菌感染。1、肺念珠菌病：通常會應用氟康唑或者棘白霉素類的藥物來進行治療；2、侵襲性肺曲霉菌病：可以應用兩性霉素B、伏立康唑等藥物來進行治療；3、肺隱球菌病：其通常比較隱匿，治療時間、時程也會相對較長，可以應用氟康唑來進行治療，療程一般要持續0.5年。當然對于肺隱球菌病，伊曲康唑、兩性霉素B也有效，通常治療時間是3-6個月，部分患者會達到6-12個月；4、肺孢子菌肺炎：磺胺是首選用藥，另外棘白霉素類藥物對肺孢子菌也有效。