耳朵深處疼需要判斷是否伴有其他不適癥狀，比如耳朵流水、流膿等可能是中耳炎的情況。除此之外還有可能是中耳癌以及膽脂瘤等疾病。需要進一步檢查，包括耳內鏡檢查以及進一步的耳部薄層CT檢查，確診病變情況。有無骨質破壞、腫瘤形成、膽脂瘤形成等。1、中耳炎：如果有慢性中耳炎病史，一定要小心中耳炎復發。中耳炎可能引流不暢，使膿液在中耳腔、乳頭腔積聚無法流出，刺激鼓膜產生明顯的疼痛。有時候也需要通過手術如乳突切開手術，膿液引流才能徹底治愈疼痛；2、中耳癌：如果多年以后出現相應癥狀，有可能是中耳癌的情況。需要進行相對范圍比較大的手術，將整個顳骨全切或者次全切，以達到徹底治愈中耳癌的情況。中耳癌的可能性相對比較小，本身發病率也很低。但如果有慢性中耳炎幾十年的病史，一旦出現耳痛以及耳流血的情況下，要小心癌變可能性；3、膽脂瘤：如果有骨質破壞或者膽脂瘤形成，需要做手術將其切除，才能達到徹底治愈的目的。