乳果糖的主要副作用，即不良反應，為治療初期可能會出現腹脹癥狀。通常繼續治療用藥后，癥狀可逐漸消失。如果乳果糖的劑量較大，高于推薦劑量，可能出現腹痛、腹瀉，可適當減少使用。如果便秘癥狀緩解或消失，可以及時停藥，尤其需要避免長期大劑量的服用。如果長期大劑量的服用乳果糖，可能導致部分患者過度腹瀉，造成電解質紊亂。若患者對乳果糖及其組分過敏，或患有胃腸道梗阻、急性腹痛、消化道穿孔，及部分患者存在消化道穿孔的風險，如潰瘍性結腸炎、克羅恩氏腸病等，都屬于乳果糖的禁忌證。乳果糖為治療用藥，因此在用藥過程中需要進行監測，避免不良反應發生。