在接受幽門螺桿菌根除治療以后，應停藥4-6周，再來復查治療效果，至少要停藥4周。因為幽門螺桿菌在抗生素的壓力下，很多細菌會發生球形變，這時進行幽門螺桿菌的檢測，是檢測不到的，是一種假陰性狀態。球形變的細菌，尿素酶的活力較差，所以會導致臨床出現假陰性結果。但是一停藥，過一段時間，這些細菌并沒有被完全根除掉，又復制，看起來好像細菌的感染又復發，其實并沒有徹底根除這些細菌，所以應該停藥達到一定時間以上，要求至少4-6周，然后再來進行檢測。 通常患者可以比4周時間更長，但是不能比4周時間短復診，要停止治療期間服用的質子泵抑制劑、拉唑類藥物、鉍劑。有潰瘍病的病人，在進行幽門螺桿菌根除以后，還會繼續服用質子泵抑制劑，如奧美拉唑類，一直服用到8周，潰瘍才能愈合。這時也需要在質子泵抑制劑停藥至少2周，然后再進行呼氣試驗復查，看幽門螺桿菌是否被根除。如果再持續使用鉍劑，至少鉍劑需要停藥1個月才可以進行復查。否則幽門螺桿菌是陰性，但是實際上不到半年，甚至2個月就又復發。這時不是再感染，是根本未將幽門螺桿菌徹底根除。