幽門螺桿菌感染經治療后，一般于停藥后一個月復查，如果檢查為陰性，可認為根治治療成功。如果復查是陽性，認為這次根治治療失敗。 幽門螺桿菌根治的有效率與多種因素有關，包括對藥物的不敏感，或者有耐藥性，藥物抑酸能力比胃腔酸度低，及所選抗生素的耐藥性、敏感度等。除此之外，要注意病因是否已經控制，飲食是否衛生，在外就餐時應進行分餐制。同時做好口腔的清潔，有的牙齒上有菌斑，如果不注意潔齒，菌斑中就會存在幽門螺桿菌。而菌斑不容易徹底殺滅，在吞咽到胃內后就會影響幽門螺桿菌的根除率。