卡氏孢子蟲肺炎是由卡氏肺孢子蟲引起的肺部感染性疾病，是一種機會性感染性疾病，治療首選的藥物是復方磺胺甲惡唑。復方磺胺甲惡唑中含有的成分是甲氧芐氨嘧啶和磺胺甲惡唑，除了選擇復方的制劑，也可以選擇甲氧芐氨嘧啶和磺胺甲惡唑的單藥。如果對復方磺胺甲惡唑不耐受或者不敏感、耐藥，可以選擇氨苯酚或者甲氧芐氨嘧啶加氨苯酚，另外棘菌素類的抗真菌藥對卡氏孢子蟲肺炎也有良好的療效，如卡泊芬凈。除了對病原體的治療還要積極地治療原發病，且由于糖皮質激素可以減低炎癥反應，故還可以在急性期應用糖皮質激素進行治療。