肺炎支原體肺炎首選的治療用藥是大環內酯類的藥物，如傳統的紅霉素，還有新大環內酯類的藥物，如羅紅霉素、克拉霉素、阿奇霉素等。對大環內酯類的藥物不敏感的人可以選用呼吸喹諾酮類的藥物，如左氧氟沙星、莫西沙星等藥物。在進行肺炎支原體肺炎治療的時候，療程一般是2-3周，所以過短的療程并不適合于肺炎支原體肺炎的治療。另外由于肺炎支原體沒有細胞壁，所以頭孢類的和青霉素類的抗生素無效，因為這兩種抗生素都是作用于病原體的細胞壁，來起到殺菌的作用。所以在治療肺炎支原體肺炎的時候，要謹記頭孢和青霉素類的抗生素無效，要選擇的大環內酯類或者是呼吸喹諾酮類的抗生素來進行治療。肺炎支原體肺炎一般預后良好，在抗感染的同時，如果有劇烈嗆咳的患者，還可以應用一些鎮咳的藥物來進行治療。