小兒腦炎后遺癥引起的吞咽困難、吞咽障礙，是因為腦炎引起缺血、缺氧，使迷走神經主干損傷造成咽喉的感覺障礙和肌肉癱瘓，進一步導致吞咽困難、飲水發嗆。由于病變部位有幾對神經同時受累，因此吞咽困難的治療較為棘手。根據病人的臨床表現，采取特殊的治療方法是把修復腦細胞的藥物注射到引起吞咽困難的神經走行部位，配合綜合康復治療、吞咽機的運用，臨床上對于兒童的早期吞咽困難、飲水發嗆效果較好。一個1歲的小寶寶患腦炎后，出現吞咽困難、飲水發嗆，住院時戴著鼻飼管，每一次只能喝30ml奶，并采用5ml的注射器打進去，經過半個月的治療鼻飼管可以拔掉，采取綜合康復后兩個月可以完全恢復。