所謂腦炎后遺癥治療即對癥支持治療，如認知功能障礙，可服用維生素E、中藥復方蓯蓉益智膠囊，嚴重病人可以服用安理申。比如癲癇是常見后遺癥，因腦袋受損、異常放電引起癲癇，癲癇服用藥物有多種，根據病人情況可以服用卡馬西平、丙戊酸鈉、苯妥英鈉。 如腦干腦炎病人可能會遺留吞咽困難、進食困難，可留置鼻胃管、鼻胃腸管進行腸外營養。重癥腦炎遺留有肢體功能殘疾，這時需要康復訓練，如上肢力量、下肢力量，起立、蹲下、走路，找康復師進行專業培訓，所以整體來講腦炎后遺癥的治療屬于綜合治療，不是某一個點治療，出現癥狀都可以進行對癥支持治療。