肺部核磁共振檢查對肺血管性疾病、縱隔疾病，效果通常較好，例如肺動脈肉瘤、縱隔疾病可以通過核磁共振檢查出來。而對于肺內病變，因為肺含氣量較多，用核磁共振檢查不是較好的檢查方法。通常是因為孕婦為了避免X線對胎兒損害，有時才會選擇核磁共振檢查。但是多數肺部病變，例如肺炎、肺部腫瘤，通常選用CT檢查。肺動脈的病變，包括縱隔腫瘤，可以通過核磁共振檢查發現，例如縱隔腫瘤、胸腺瘤、畸胎瘤、淋巴瘤等，可以通過核磁共振發現。通常情況下，孕婦、年齡較小的小孩，為減少射線的攝取，以及X線對身體的傷害，才采用核磁共振檢查。