核磁共振作為先進影像學手段，對于腦炎診斷非常重要。腦炎可能出現腦膜或腦實質損傷，如果損傷較嚴重，在頭顱影像學包括磁共振、頭顱CT都有相應異常表現，可表現為水腫、出血、壞死。如果結合磁共振增強檢查，還可能發現腦膜損傷。所以磁共振對于腦炎診斷非常重要，但同時應當強調，腦磁共振不是診斷腦炎的唯一手段或必需手段，腦炎診斷更多要結合臨床、腰穿、腦電圖等許多輔助檢查進行綜合判斷。 所以腦炎尤其是病毒性腦炎，腦實質可能損傷較輕微，結構沒發生變化。結構影像學比如磁共振平掃可能沒有發現異常，這時要綜合臨床癥狀進行診斷。但對于特殊腦炎，比如結核性腦炎，也有嚴重腦膜粘連，比如常見邊緣葉腦炎，損傷部位在邊緣葉、顳葉等，這時影像學包括磁共振在內的輔助檢查，可為診斷提供很多診斷依據。