三個月的寶寶如果睡覺不踏實，要針對病因采取不同的處理方法，具體如下：1、喂養不當：臨床比較常見的是喂養不當、消化不良、積食所引起的腹脹、腹部不適、睡不踏實。要調整喂養時間，在寶寶兩次喂養之間留出消化的時間，不要過于頻繁。同時可以給寶寶適量口服腸道益生菌，來增強寶寶的消化功能；2、缺乏維生素D：寶寶睡覺不踏實，大多是缺乏維生素D和鈣劑，導致體內缺乏鈣元素，神經興奮性增高就難以入睡，即使睡著了也睡不踏實，頻繁醒來。所以要給寶寶補充維生素D，必要的時候還要補充鈣劑，同時要多曬太陽，曬太陽能夠合成天然的維生素D。