膠囊內鏡可檢查食道、胃、小腸、結腸等病變情況。目前電子胃鏡、電子結腸鏡對小腸病變的檢查存在盲區，膠囊內鏡對小腸病變的檢查填補了這個空白。但膠囊內鏡也有一定局限性，如膠囊內鏡通過口服到胃腸后是隨機運動，可控性較差，建議還是做胃鏡和腸鏡，若對胃腸鏡有恐懼，建議做無痛胃鏡檢查。目前單氣囊和雙氣囊小腸鏡應用越來越普及，可取代膠囊內鏡。膠囊內鏡多用于高端體檢，或無法耐受小腸鏡檢查的患者，膠囊內鏡費用較高，應用一次，加上診斷費用大約上萬元。