肝內膽管結石不好治，肝內膽管結石走行復雜，手術操作相對復雜。肝臟本身組織結構比較復雜，血供豐富，切肝風險比較大，并且肝內膽管結石患者切肝后，也有部分病人再長結石。還有雙側肝內膽管都有結石的病人，切肝本身不能解決肝內膽管結石的問題，特別是取石頭后結石有復發可能。 手術，特別是膽腸吻合以后反流性膽管炎的發生率較高。還有一部分病人不管膽囊吻合還是肝切除，都有再復發結石的情況，膽囊吻合后腸液跟膽管接觸，癌變的發生率大概在5%-10%，所以肝內膽管結石到目前為止是非常棘手的良性疾病。